در منابع حدیثی و تاریخی شیعه معجزات و کرامات[۱] زیادی از امام علی(ع) نقل شده است که بررسی سندی و محتوایی همه آنها از حوصله این نوشتار خارج است. ولی باید دانست که در دامنه قدرت الهی تمام ممکنات عقلی قابلیت وقوع دارند، همان‌گونه که عصای چوبین بی‌جان حضرت موسی(ع) تبدیل به ماری شده و سحر ساحران مصری را بلعید، دریایی بزرگ بر روی بنی اسرائیل باز شد، کور مادر زاد شفا یافت و … .
نکته دیگر آن‌که در گزارشات تاریخی، بیشتر به اعتبار منبع استناد تکیه می‌شود تا صحت سند، چون بیشتر نقل‌های تاریخی – از جمله موضوع معجزات – مانند روایات فقهی، تحلیل سندی نمی‌شوند.
اکنون به تعدادی از معجزات و کرامات امام علی(ع) که در منابع قابل استناد نقل شده اشاره می‌کنیم:
۱٫ سخن گفتن زمین با امام علی(ع)
اسماء بنت عمیس می‌گوید: فاطمه زهرا(س) فرمود: «یکی از شب‌ها که علی(ع) به خانه آمد، مرا گریاند!». گفتم: اى سرور زنان عالم چرا گریستی؟! فرمود: «شنیدم که زمین با او حرف می‌زد و او نیز با زمین سخن می‌گفت. من شب را با گریه صبح کردم، و ماجرا را به پدرم گفتم. پدرم سجده‌ای طولانى کرد و سپس فرمود: اى فاطمه! تو را به پاکى نسلت بشارت می‌دهم؛ زیرا که خداوند شوهرت را بر دیگر مردم برترى داد و به زمین دستور داده که با او سخن بگوید و اَخبار خود و آنچه بر روى او از شرق و غرب عالم گذشته را برایش نقل کند».[۲]
۲٫ کندن صخره بزرگ از زمین
امام علی(ع) با سپاهیانش به صفین می‌رفت که در بیابان تشنه شدند و تلاش و جست‌وجویشان برای یافتن آب نتیجه‌بخش نبود. امام جایی را معیّن کرد و فرمود: «برای دستیابی به آب، این‌جا را حفر کنید». آنان نیز کندند تا به سنگ بزرگی رسیده و متوقف شدند و به حضرتشان گفتند: بیل‌ و کلنگ‌ها بر این صخره اثر نمی‌کند! امام فرمود: «زیر این صخره، آب است و اگر آن‌را بردارید به آب خواهید رسید». تلاش دوباره و گروهی آنان نیز بجایی نرسید. امام علی(ع) با مشاهده این وضعیت، نزد صخره آمده و انگشتانش را زیر صخره برد و  حرکتش داد و آن‌را از جا کند و چند متری به دور افکند! همراهان، آب زلالی را دیده و از آن نوشیدند. این گواراترین، خنک‌ترین و زلال‌ترین آبی بود که در آن سفر بدان دست یافته بودند. امام فرمود: «بنوشید و ذخیره کنید». سپس سنگ را به وضعیت اولش درآورده و اثر چاه را ناپدید کرد.[۳]
۳٫ تبدیل سنگ ریزه‌ها به جواهر
امام علی(ع) و گروهی از پیروانش در مسجد کوفه بودند که مردی خطاب به حضرتشان گفت: پدر و مادرم فدایت! عجیب است که دنیا در دست دشمنانتان بوده و شما از آن بهره‌ای ندارید! حضرت فرمود: «گمان می‌کنی ما دنیاطلبیم اما به آن دست نمی‌یابیم؟!»، آن‌گاه مشتی از سنگ‌ریزه برداشته و آن‌را به جواهر مبدّل ساخت و پرسید: «اینها چیست؟»گفت: بهترین نوع جواهر! حضرت فرمود: «اگر دنیا را بخواهیم برای ما وجود دارد اما نمی‌خواهیم» و سپس جواهر را دور ریخت که دوباره به سنگریزه تبدیل شدند.[۴]
۴٫ توقف زلزله
«زلزله‌ای در مدینه رخ داد و مردم از وحشت به ابوبکر و عمر پناه بردند، اما دیدند که آن دو نیز به خانه امام علی(ع) پناهنده شده‌اند. مردم نیز به آن‌جا رفتند. امام از منزل خارج شده و حرکت کرد …. و مردم نیز به دنبال حضرتشان راه افتادند تا به تپّه‌اى‏ رسیدند. امام بر بلندی نشسته و دیگران در گرد او حلقه زدند و به ساختمان‌های شهر که همچنان می‌لرزیدند نگاه می‌کردند. حضرت فرمود: «گویا شما را ترس فراگرفته است؟» پاسخ دادند: تا کنون چنین چیزی ندیدیم و چگونه نهراسیم؟! امام لب‌هایشان را حرکت داده و دست‌های خود را به زمین زدند و فرمودند: «چه رخ داده؟! آرام باش!» و زمین آرام گرفت.
مردم تعجب کردند. امام(ع) بعد دیدن تعجب آنان فرمود: «من فردی هستم که خداوند در باره او فرموده: “إِذا زُلْزِلَتِ الْأَرْضُ زِلْزالَها، وَ أَخْرَجَتِ الْأَرْضُ أَثْقالَها وَ قالَ الْإِنْسانُ ما لَها”[۵] (هنگامى که زمین به سخت‌ترین زلزله خود به لرزه در آید و بارهاى سنگین اسرار درون خویش همه را از دل خاک بیرون افکند، در آن‌روز انسان گوید: زمین را چه می‌شود)؛ من همان انسانی هستم که به زمین می‌گوید: تو را چه شده است. “یَوْمَئِذٍ تُحَدِّثُ أَخْبارَها”[۶] (در آن روز زمین مردم را به حوادث بزرگ خویش آگاه می‌سازد)»؛ زمین برای من اخبارش را بیان می‌کند».[۷]
البته گفتنی است در صورت پذیرش این نقل، روایت در صدد بیان یکی از بطون قرآن می‌باشد.
۵٫ پرده‌برداری از بهشت و جهنم
عده‌ای از اصحاب امام علی(ع) به ایشان گفتند: جانشینان حضرت موسی(ع) و عیسی(ع) نشانه‌هایی را به مردم نشان می‌دادند. شما نیز اگر معجزه‌ای دارید، نشانمان دهید تا قلبمان آرام گیرد. امام فرمود: «شما تحملش را ندارید! ». اما پس از اصرار آنان، امام(ع) حرکت کرد تا به قبرستانی که در شوره‌زاری بود رسیدند. آن‌گاه آهسته دعا کرد و گفت: «پرده‌ات را کنار بزن». ناگهان باغ‌ها و نهرها از یک سو و آتش از سوی دیگر نمایان گشت. عده‌ای گفتند: جادو! جادو! و عده‌ای نیز با پذیرش معجزه گفتند: پیامبر(ص) فرموده بود: «قبر، باغی از باغ‌های بهشت یا حفره‌ای از گودی‌های جهنم است».[۸]
۶٫ شفای بیماران
الف. امام صادق(ع) می‌فرماید: مالک اشتر نزد امام على(ع) رفت و سلام کرد. امام پاسخش را داد و فرمود: «چطور در این ساعت، نزدم آمدی؟!».
گفت: دوستى و عشقت اى امیر مؤمنان!
فرمود: «دم در، کسى را دیدى؟».
گفت: بلى، چهار نفر را دیدم.
مالک به همراه امام به دم در رفته و آن‌جا بیمارانی را دیدند که به نابینایی، جذام، فلج و برص مبتلا بودند.
حضرت فرمود: این‌جا چه کار می‌کنید؟ گفتند: به  خاطر بیماری‌مان! حضرت برگشت و بقچه‌اى را باز کرد و در آن بسته‌ای چرمى را در آورده و از درون آن نیز کاغذى بیرون آورد و برایشان خواند. تمامشان شفا یافته، برخاسته و رفتند».[۹]
ب. عبد الواحد بن زید می‌گوید: به حجّ رفته و در حال طواف بودم که کنار رکن یمانى، دو زن را دیدم که یکى به دیگرى می‌گفت: نه، به حق کسى که به جانشینی انتخاب شد و کسى که به مساوات حکم می‌کرد و عادلانه قضاوت می‌نمود، همسر فاطمه زکیّه، رضیّه و مرضیّه، این‌گونه نبود.
از آن زن پرسیدم: او کیست؟!
گفت: او امیر مؤمنان على بن ابی‌طالب، علم اعلام و باب احکام و تقسیم‌کننده بهشت و جهنّم و ربّانى این امت است.
گفتم: او را از کجا می‌شناسى؟
گفت: چگونه نشناسمش با آنکه پدرم در صفین در کنار او شهید شد. هنگامی که ایشان از صفین برگشت. به خانه‌مان آمد و به مادرم فرمود: اى مادر یتیمان! حالت چگونه است؟
مادر گفت: خوب است.
آن‌گاه مادرم، من و این خواهرم را نزدش آورد. من آبله داشتم و  بینایی چشمانم را از دست داده بودم. امام با دیدن من آهى کشید و فرمود:
ما ان تاوّهت من شی‏ء رزیت به
کما تاوّهت للاطفال فی الصغر
قد مات والدهم من کان یکفلهم
فی النائبات و فی الاسفار و الحضر
«براى هیچ مصیبتى به اندازه مصیبت کودکان خردسالی آه نکشیدم که پدری را از دست دادند که در مشکلات، حضور در خانه و نیز در مسافرت‌ها سرپرست آنان بود».
سپس حضرت دست مبارکش را بر صورتم کشید و همان هنگام، چشم‌هایم باز شدند. به خدا سوگند! اکنون من می‌توانم شتر رمیده را در شب تاریک ببینم و این به برکت آن‌حضرت بود که درود خدا بر او و خاندانش باد.[۱۰]