نجف اشرف تا قبل از شهادت امیرالمؤمنین على (ع) و دفن امام در آنجا، سرزمینی معروف نبود. حتی از ترس خوارج، محل دفن حضرت تا زمان امام صادق (ع) آشکار نشد. از این تاریخ به بعد، به تدریج شیعیان به نجف رفتند و در گذر ایام این شهر دینی شکل گرفت. مؤلف کتاب «ماضى النجف و حاضرها» می‌گوید که شیخ صدوق در کتاب «علل الشرایع» وجه تسمیه این بقعه را به نجف از حضرت صادق (ع) نقل می‌کند که نجف کوه بزرگی بود و آن همان کوه است که پسر نوح (ع) گفت: «سآوی الى جبل یعصمنى من الماء» و در روی زمین کوه از آن بزرگتر نبود؛ پس خداوند به او وحی نمود که ای جبل آیا به تو نگهداری می‌شود از من؟ پس کوه پاره پاره شد و در جای او دریای عظیمی ظاهر گردید که آن دریا را «نین» می‌گفتند بعد از آن آن دریا خشک شد پس گفتند نی (جف یعنی دریای نی خشک شد و برای تخفیف به «نجف» مشهور شد. (نجفی، ۱۳۷۹: ۷۶)

نجف قبل از هجرت شیخ طوسی سرزمینی بود که برخی از علویان و شیعیان خاص امیرمؤمنان (ع) را در خود جای داده بود، لیکن با هجرت شیخ طوسی دانشجویان علوم اسلامی نجف اشرف را به مرکز شیعه و دانشگاه بزرگ شیعه امامیه تبدیل کردند و پس از آن هزارن دانشجو و متفکر شیعی در این دانشگاه پرورش یافته به نشر معارف اهل بیت همت گماردند.

نباید تصور کرد که پیش از شیخ طوسی دانشمندان شیعی در نجف اشرف نبوده‌اند، بلکه پیش از وی رجال علم در آن شهر سکونت داشته و به برخی از دانشمندان شیعی اجازه روایت داده‌اند، لیکن نجف از زمانی به عنوان مرکز فقه شیعی و علوم آل البیت (ع) درآمد که شیخ طوسی به آن شهر هجرت کرد و با دانشمندان حاضر در مکتب درس خویش حوزه علمیه نجف اشرف را بنا نهاد.

دوره اول:

نخستین دوره از حوزه علمیه نجف اشرف با هجرت شیخ طوسی از بغداد به نجف آغاز می‌گردد و تا قرن ششم هجری ادامه می‌یابد. شیخ الطایفه پس از ۲۲ سال مرجعیت در بغداد به نجف اشرف هجرت کرد و پس از گذشت ۱۲ سال به دیار باقی شتافت. شیخ طوسی از جمله دانشمندان شیعی است که به علوم نقلی و عقلی احاطه کامل داشته و تألیفاتی در هر یک از موضوعات و علوم اسلامی به رشته تحریر درآورده است. هجرت شیخ طوسی به نجف اشرف موجب گشت تا ده‌ها دانشمند شیعی در این حوزه گرد آیند و صدها دانش پژوه به تحقیق و تألیف

پردازند و از محضر دانشمندان بهره برند و همین امر به بنیانگذاری حوزه علمیه نجف اشرف انجامید. حوزه‌ای که با برخورداری از بزرگان علم و عمل دانشکده‌های مختلف خود را در این دانشگاه بزرگ شیعی تأسیس نمود و به علوم اسلامی در فقه و کلام و تفسیر و حدیث پرداخت. پس از رحلت شیخ طوسی به سال ۴۶۰ هجری فرزندش «شیخ ابوعلی طوسی»، متوفی به سال ۵۱۵ هجری، مرجعیت شیعه را عهده‌دار گردید و «ابو نصر محمد بن ابی علی الحسن بن ابی جعفر محمد بن الحسن الطوسی» فرزند ابو علی پس از پدرش حوزه‌ای را که جدش دایر کرده بود، اداره نمود.

دوره دوم:

در این دوره که از قرن ششم تا نهم هجری به طول انجامیده، حوزه علمیه کربلا از تحرک بیشتری برخودار بوده است و دانشمندانی چون «ابوالعباس احمد بن علی نجاشی»، «عماد الدین ابی حمزه طوسی»، «سید فخار موسوی حائری»، «رضی الدین على بن طاووس»، «شمس الدین محمد بن مکی (شهید اول)»، «ابن خازن حائری» و «ابن فهد حلی» در آن به تربیت دانشجویان علوم دینی مشغول بوده‌اند، از این رو حوزه علمیه نجف در آن برهه از رونق چندانی برخودار نبود، چه آنکه اغلب رجال علم در حوزه کربلا سکنی گزیدند. برخی علت رکود علمی این دوره را به سبب تحرک حوزه حله در این عصر دانسته‌اند و بیوتات علمیه آل ادریس، آل شیخ ورام، آل فهد، آل طاووس و … را دلیل گفتار خویش ساخته‌اند.

دوره سوم:

این دوره حوزه علمیه نجف اشرف از قرن نهم هجری آغاز می‌گردد و تا قرن یازدهم هجری ادامه می‌یابد. پس از این دوره که عصر حضور فقهای اصولی است، علمای اخباری در این مرکز فعالیت بیشتری داشته‌اند. جمال الدین و شرف المعتمدین ابوعبدالله مقداد بن عبدالله بن محمد بن حسین بن محمد سیوری حلی اسد غروی، معروف به «فاضل مقداد» از فقهای شیعه و دانشمندان بزرگ این دوره است که در روستای «سیور» حله متولد گردیده و از شاگردان شهید اول است. وی نه تنها در فقه دانشمندی برجسته است، بلکه متکلمی ورزیده به حساب می‌آید.

وی با نگارش شروحی بر آثار استادش مکتب شهید اول را بارورتر ساخت و حوزه فقه استدلالی را وسعت بخشید و با تألیف کتابی در فقه القرآن مبانی قرآنی فقه شیعی را بیان داشت و پس از آن با دیگر نگاشت‌های خود منزلت تفکر شیعی و بینش وی در اصول اعتقادات و فروع احکام را روشن ساخت.

دوره چهارم:

این دوره از اوایل قرن یازدهم شروع شد و تا آخر آن امتداد داشت و به اخباریانی اختصاص یافت که در حوزه علمیه نجف به فعالیت علمی اشتغال داشتند. در این عصر رکود علمی مباحث اصولی مشهود است تا اینکه وحید بهبهانی از ایران به کربلا و نجف آمد و با مباحث علمی پایه‌های منطق اجتهاد را تقویت کرد. از جمله عللی که باعث شد مکتب اخباری بر مکتب اصولی چیره گردد و تا پیش از وحید بهبهانی در حوزه نجف اشرف رشد یابد، انتقال زعمای مکتب اصولی به حوزه علمیه کربلا ذکر شده است که خالی از اشکال نمی‌باشد.

دوره پنجم:

این دوره که از قرن دوازدهم تا قرن پانزدهم هجری را شامل می‌گردد از پرتکاپوترین دوره‌های حوزه علمیه نجف اشرف به شمار می‌رود. شروع دوره پنجم حوزه نجف مصادف است با هجرت وحید بهبهانی و شاگردان وی مانند «سید محمد مهدی بحر العلوم» (۱۱۵۴/۱۱۵۵ – ۱۲۱۲). او از شاگردان وحید بهبهانی و شیخ یوسف بحرانی است که پس از استاد کل زعامت شیعیان و مدیریت حوزه علمیه نجف را بر عهده گرفت و آن در حالی بود که هنوز سنش از ۳۰ سال تجاوز نکرده بود. بحر العلوم از دانشمندان فرزانه‌ای است که مقامات معنوی و سیر و سلوکی را به نحو نیکو طی کرده و مورد احترام علمای شیعه بوده است و تالی معصوم به شمار می‌رود. کرامات زیادی از او نقل شده است و گویند شیخ جعفر کاشف الغطا دانشمند معاصر وی با تحت‌الحنک عمامه خویش غبار نعلین او را پاک می‌کرد. در واقع، این دوره آغاز دوره سیاسی و تأثیرگذاری ویژه حوزه نجف در مباحث سیاسی است؛ که به واسطه تفوق روش اجتهادی بر اخبارگیری منشأ تحولات بعدی در جوامع شیعی اعم از ایران، عراق و لبنان می‌شود.

ورود همه جانبه مکتب نجف به تحولات دیگر بلاد اسلامی در سایه تحولات دوره پنجم اتفاق می‌افتد. شکل‌گیری مرجعیت واحد شیعی، زمینه دخالت‌های مراجع و اندیشمندان شیعی در راهبری جامعه اسلامی را فراهم می‌آورد.