پس از آنکه مقام معظم رهبری، سال (۱۳۸۰) را سال امام علی(ع) نامگذاری فرمودند و با احساس ضرورت و بایسته های معرفی هر چه بهتر فرهنگ الهی تشیع، به ندای رهبر اندیشمند خویش پاسخ عملی گفته ایم و با یاری جستن از ذات اقدس باری تعالی، عنایات خاص حضرت بقیه الله الاعظم(عج) و همراهی گروهی از بزرگان صاحب نظر حوزه و دانشگاه، بر آن شدیم تا مرکزی فرا ملّی و غیر دولتی در شأن و عظمت تشیع، با نام مبارک «مجمع جهانی شیعه شناسی» به صورت مستقل تأسیس کنیم و مجاهدت های علمی و عملی فرهنگ الهی تشیع را با برنامه ریزی دقیق و آینده نگری عمیق با تحفظ از سیاست های وحدت و تقریب اسلامی یاری رسان باشیم. ان شاء الله
درک ضرورت و احساس نیاز مبرم به توسعه و تعمیق و کاربری کردن پژوهش و تحقیقات، در زمینه های مختلف موضوعات علمی شیعه شناسی به ویژه در اثبات حقانیت و معرفی هر چه بهتر مکتب متعالی تشیع به صورت گسترده و فراگیر و دفع شبهات بر اساس مواضع اثباتی ما را بر آن داشت تا، با یاری جستن از ذات اقدس باری تعالی، عنایات خاص حضرت بقیه الله الاعظم(عج) تأیید و حمایت‌های بی‌دریغ مراجع عظام تقلید «حفظهم الله و دامت برکاتهم»، همکاری و همراهی گروهی از بزرگان حوزه و دانشگاه و اساتید صاحب نظر، مرکزی فراملّی در شأن و عظمت تشیع با نام مبارک «مجمع جهانی شیعه‌شناسی» به صورت مستقل تأسیس نموده و مجاهدت‌های علمی و عملی فرهنگ الهی و حیات‌بخش تشیع را، با برنامه‌ریزی دقیق و آینده‌نگری عمیق در مراکز اسلامی جهان و مساجد و محیط های آکادمیک یاری‌رسان باشیم.
در این راستا، این مجمع در سال مبارک امام علی(ع) (۱۳۸۰) به همت والای جانباز شهید حجت الاسلام و المسلمین استاد انصاری نیا بویراحمدی و آیت الله رحیم محمدی ایلامی و دکتر آیت پیمان تأسیس گردید.
موسسین کلیه سرمایه اولیه مجمع را که از اموال شخصی خود تامین نمودند و آنچه از محل حمایت ها و تبرّعات و سایر درآمدها تحصیل شده است و آنچه در آینده حاصل می شود را به عنوان وقف مؤبد خاص برای اهداف مندرج در اساسنامه مجمع جهانی شیعه شناسی اختصاص دادند. بنابراین کلیه دارایی های منقول و غیرمنقول مجمع در حال و آینده مشمول وقف مذکور خواهد بود.
از همان ابتدای تأسیس، جلسات متعددی با حضور برخی اساتید و بزرگان حوزه و دانشگاه با عنوان «نیازشناسی تشیع» تشکیل شد. این جلسات، به شناسایی اولویت‌های اساسی جهان تشیع و تشخیص ضرورتها و بایسته ها انجامید که این اولویت‌ها در بیست محور به عنوان شرح وظایف اولیه تدوین گردید.
در مرحله بعد؛ جمعی از علماء و اساتید حوزه و دانشگاه که در مسائل شیعه‌شناسی تخصصی داشتند؛ برای همکاری دعوت شدند. پس از آن اعضاء هیئت امناء و هیئات مدیره مشخص و مراحل اداری و ثبت رسمی مجمع به شماره ثبت ۲۹۹ طبق اساسنامه مصوب به انجام رسید. سپس اعضای شورای علمی ، معاونت های تخصصی، مدیران قسمت‌های اداری و پژوهشی و اجرایی انتخاب و مشغول به فعالیت شدند.