– پژوهش در آثار شهید مطهری(ره) به منظور استخراج و معرفی دیدگاههای استاد شهید
– معرفی و بزرگداشت مقام و شخصیت علمی و فرهنگی شهید مطهری(ره)
– برنامه ریزی و ارائه خدمات آموزشی برای تربیت استادان و کارشناسان مجرب وزمینه سازی برای تربیت متفکران اسلامی استمرار دهنده راه و اندیشه های استاد مطهری(ره)
– حمایت از فعالیت های پژوهشی مطهری شناسی اعم از تألیف و ترجمه کتاب، مقاله ، پایان نامه های تحصیلی و ابداع و نوآوری در علوم اسلامی و الهی در راستای آثار واندیشه های استاد مطهری(ره)
– همکاری با دیگر مراکز و نهادهای داخلی و خارجی فعال درزمینه مطهری شناسی(ره)
– ایجاد بانک اطلاعاتی و پایگاه اطلاع رسانی رایانه ای ومطبوعاتی و انتشار نشریات تخصصی
– برگزاری همایش، نمایشگاه، مسابقه، سمینار،کلاس های آموزشی و برنامه های تبلیغی
بنیاد برای اجرای رسالت و ماموریت تصویبی اقدام به تشکیل و راه اندازی دفتر مرکزی در تهران نموده است که در آن ۳ معاونت پژوهش ، آموزش و فرهنگی و سه مدیریت طرح و برنامه و بودجه ، روابط بین الملل و اداری مالی شکل گرفته است و به منظور بهره گیری از ظرفیت حوزه های علمیه قم در نشر و نقد آثار ، دفتر بنیاد در قم را نیز ایجاد نموده است .
نوع برنامه ریزی در بنیاد بصورت عملیاتی و نتیجه گرائی است، از این رو از حد اقل ساختار و سازمان نیروئی برخودار می باشد. . از مهمترین برنامه های در دست اجرا می توان به عنوان نمونه از سند راهبردی  ، تدوین نظام جامع اندیشه استاد مطهری(ره)، تدوین  سیر مطالعاتی آثار استاد مطهری(ره)بصورت عمومی و تخصصی، تدوین موضوعی آثار استاد شهید مطهری(ره)، حمایت از پایان نامه های دانشجوئی با موضوع اندیشه های استاد مطهری(ره) ، تدوین نظام جامع آموزش بنیاد ، طراحی واحد درسی مطهری شناسی در دروس حوزه های علمیه ، شناسایی ، ساماندهی وحمایت مراکز وکانون های فعال درطرح مطالعاتی آثار شهید مطهری(ره) ویژه جامعه ، دانش آموزان ،  طلاب حوزه های علمیه ،  دانشگاه ها  و دانشجویان ایرانی خارج از کشور ، بررسی قابلیت ها و زمینه های همکاری نهادها و موسسات علمی- فرهنگی کشور فعال در امور برون مرزی ، برگزاری میزگردهای علمی و فرهنگی با حضور نخبگان و اندیشمندان خارجی در جهت شناخت و معرفی شخصیت و تبیین تفکر استاد شهید مرتضی مطهری(ره) به صورت ویدئو کنفرانس و رادیو اینترنتی و ایجاد کرسی های مطهری شناسی دردانشگاههای کشور های خارجی نام برد. 

آدرس دفتر تهران: خیابان شهید کلاهدوز (دولت)، خیابان شهید سنجابی، بن بست مریم، پلاک ۴

تلفن: ۳۲۹۳۵۸۷۰-۰۲۵

نمابر: ۳۲۹۳۵۶۹۱-۰۲۵

تلفن دفتر تهران: ۲۲۷۷۳۵۹۵