متن پیام رهبر معظم انقلاب به این شرح است:

بسم الله الرحمن الرحیم

درگذشت روحانی مُصلح و فاضل، جناب ماموستا حسام الدین مجتهدی از علمای برجسته‌ی شافعی و نماینده‌ی مجلس خبرگان رهبری و امام جمعه‌ی اهل سنت سنندج رحمة الله علیه را به عموم مردم مؤمن و انقلابی کردستان و به خانواده و بازماندگان محترم ایشان تسلیت عرض میکنم.
این شخصیت خدوم و کهنسال که بسیاری از علمای منطقه شاگردان وی به شمار میرفتند، از جمله‌ی وفاداران به پیام انقلابی اتحاد مسلمانان بوده و با روحیّه‌ی تقریب میان فِرَق اسلامی، به وظایف روحانی اشتغال داشت.
رحمت و مغفرت حق متعال را برای ایشان مسألت میکنم.

سیّد علی خامنه‌ای
6 اردیبهشت 1393